Třicetiletá válka byla válkou náboženskou a na území českých zemí měla charakter války občanské. Ostrá hrana nesmiřitelného nepřátelství vedla uvnitř země, uvnitř měst a vesnic a často rozdělovala samotné rodiny. V Horšovském Týně oddělovala majitele panství Viléma z Lobkovic, který byl jedním z vůdců povstalých nekatolických stavů, od jeho poddaných, kteří zůstali katolíky, a tudíž věrnými svému katolickému panovníkovi. Zatímco Vilém dělal velkou politiku v Praze jako nejvyšší hofmistr „zimního krále“ Fridricha Falckého, měšťané v Horšovském Týně požádali po vpádu císařských vojsk do Čech v říjnu 1620 jejich velitele Marradase o vojenskou ochranu.
Chování týnských měšťanů nelze chápat jako nějakou zradu české věci. Mocenské zájmy odbojných stavů se jich netýkaly, hájili své rodiny a majetky a porážku stavů nakonec přivítali, stejně tak konfiskaci veškerého majetku Viléma z Lobkovic. Stali se tak přímými poddanými císaře a zbavili se nenáviděné vrchnosti, se kterou vedli léta spory. Stejně tak s povděkem přijali rozhodnutí Ferdinanda II. z 30. března 1622, že panství Horšovský Týn bude prodáno císařskému tajnému radovi hraběti Maxmiliánovi z Trauttmansdorffu. S důvěrou očekávali, že jeden z nejbližších císařových rádců ochrání své panství před průtahy a ložírováním vojsk, které město už několikrát postihly. Očekávání týnských měšťanů nebylo zklamáno, k čemuž přispělo i potvrzení všech městských výsad a privilegií, a dokonce polepšení městského znaku císařskou listinou z května 1622 jako ocenění věrnosti měšťanů císaři Ferdinandovi II. v době stavovského povstání. 
Ve stejný měsíc se Maxmilián z Trauttmansdorffu ujal vlády ve svém novém panství, když předtím stanovil horšovskotýnským jejich poddanské povinnosti a zároveň potvrdil stávající městská práva a ponechal městu jeho majetek. Maxmilián učinil z Horšovského Týna novou základnu rodového panství a v rámci svých možností, které nebyly malé, se o město řádně staral. Až do začátku 40. let 17. století město netrpělo průtahy vojsk, i když řada měšťanů zchudla v důsledku zastavení obchodu v době války. V roce 1641 se těžiště války opět jednou přesunulo na českobavorské pomezí. Švédský generál Banér vtrhl do Čech a pustošil příhraničí. Švédové načas obsadili Horšovský Týn, vyrabovali zámek a město a vynutili si na nešťastných měšťanech vysoké výpalné ve výši 10 tis. tolarů. Pak už to šlo ráz naráz. Maxmilián z Trauttmansdorffu byl daleko, vyjednával v Osnabrücku mírové podmínky, zatímco v Horšovském Týně se střídaly posádky císařské se švédskými a všichni loupili a kořistili. Ještě v červnu 1648, když už byl vestfálský mír na spadnutí, řádila v Horšovském Týně a jeho okolí švédská posádka. Důsledky války pociťovalo město ještě několik desetiletí po jejím skončení. V roce 1616 bylo ve městě 188 obydlených domů, v průběhu války jejich počet poklesl na 146 a ještě v roce 1678 bylo ve městě 41 domů pustých. Ve srovnání s okolními vesnicemi a celými Čechami, kde se odhaduje pokles obyvatelstva zhruba o jednu třetinu, nebyly však důsledky Třicetileté války pro samotné město tak katastrofální. Vždyť bezprostředně po skončení války byla zahájena stavba po zámku druhého největšího objektu – kapucínského kláštera, který se stal symbolem nového rodového majitele panství – Trauttmansdorffů, neboť sem hodlal umístit zakladatel týnské rodové větve Maxmilián rodovou hrobku. Položení základního kamene se však Maxmilián z Trauttmansdorffu nedožil, neboť roku 1650 ve Vídni zemřel. Ve svém testamentu zavázal svého univerzálního dědice syna Adama Matyáše realizací stavby. V srpnu 1650 posvětil pražský arcibiskup kardinál Harrach základní kámen a Adam Matyáš k němu přiložil medaili s portrétem svého otce. Podle desky zasazené nad vchodem byl kostel zasvěcen sv.Vítu, sv. Františku a sv. Antonínu Paduánskému. Tato první barokní stavba v Horšovském Týně byla poplatná jednoduchému, takřka typizovanému stavebnímu stylu kapucínů. Obdélníkový kostel s dvěma bočnými pravoúhlými kaplemi a pravoúhlým presbytářem byl sklenut valenou klenbou a opatřen sedlovou střechou. Západní průčelí bylo prolomeno dvěma velkými obdélníkovými okny s polokruhovitým závěrem, dále kruhovým oknem a hlavním vchodem s obdélníkovým portálem. Jedinou výzdobu tvořil trojúhelníkový rozeklaný štít nad portálem. Stejně prostě byl vystavěn vlastní klášter na čtvercovém půdorysu s rajským dvorem. V rozsáhlé stavební činnosti pokračovali i Adamovi nástupci, respektive jeho snacha hraběnka Anna Marie z Trauttmansdorffu, rozená z Liechtensteinu. Poté, co ovdověla, uplatnila své silné náboženské cítění při úpravě církevních staveb. Oblíbila si poutní místo sv. Anny na Vršíčku, které doplnila v roce 1697 kaplí Božího hrobu. Jednalo se o zmenšenou repliku slavného chrámu v Jeruzalémě. Kaple byla opatřena velkými kamennými erby rodin Trauttmansdorffů a Liechtensteinů. O rok dříve dala vytesat pět sousoší zpodobňujících některá zastavení Křížové cesty. Sousoší spojovala Horšovský Týn s poutním kostelem sv. Anny. Tato první figurální sochařská díla dostala zakrátko své následovníky. Kult sv. Jana Nepomuckého se v Horšovském Týně projevil už na počátku 18. století umístěním sochy světce z dílny Jana Brokoffa na mostě přes Radbuzu. Brzy následovala socha Jana Nepomuckého před klášterním kostelem a socha sv. Donáta při cestě do Horšova. Na přelomu 17. a 18. století byl Horšovský Týn znovu kvetoucím městem. Výhodná poloha na hlavní cestě vedla k opětovnému navázání válkou zpřetrhaných obchodních vztahů a měšťané začali pozvolna opět bohatnout. Rostoucí prestiž města se navenek projevila rozsáhlou přestavbou radnice. Ta byla dokončena v roce 1693, jak dokládá letopočet umístěný nad hlavním portálem. Ze své nové podoby se však netěšila dlouho, protože v roce 1708 postihl město katastrofální požár. O hospodářské síle města vypovídá fakt, že s jeho ničivými následky se Horšovský Týn vypořádal velice brzy, naopak požár se stal impulsem k rozsáhlé barokní přestavbě města. Byla znovu opravena radnice a město přistoupilo k zásadní přestavbě farního kostela sv. Petra a Pavla na náměstí. Na západní straně byl prodloužen o vstupní chodbu a opatřen novým honosným průčelím se štítem s volutovou výzdobou, který se stal inspirací pro štíty většiny měšťanských domů na náměstí. Štít byl členěn dvěma pilastry a polosloupy po stranách a do dvou nik byly umístěny sochy patronů - sv. Petra a sv. Pavla. Hlavní loď byla nově sklenuta valenou klenbou a vybavena bohatou barokní výzdobou. Po vzoru kostela se rozhodli k barokní přestavbě svých domů i nejbohatší měšťané ve městě. Většina domů na náměstí dostala nová průčelí, opatřená barokními štíty s bohatou výzdobou. Barokní přestavba po roce 1708 určila stavební charakter celého náměstí. Barokní přestavbě neušel ani nejvýznamnější církevní objekt ve městě – arcidiecézní chrám sv. Apolináře na Velkém Předměstí. Hlavní loď byla prodloužena a sklenuta třemi plackami na masivní pilíře. Kostel dostal nové vybavení včetně všech oltářů a lavic a kůr byl opatřen velkými varhanami. Barokní proměnu města zahájila a také ukončila stavební činnost majitelů panství Trauttmansdorffů. V polovině 18. století za hraběte Františka Norberta Trauttmansdorffa došlo k barokní úpravě exteriéru i interiéru poutního kostela sv. Anny. Západní průčelí bylo rozčleněno pilastry, prolomeno novým portálem a vyvrcholilo vysokým volutovým štítem s pilastry, tolik typickým pro celý Horšovský Týn. Hrabě František Norbert také obnovil zeď kolem zámeckého parku a vystavěl nové brány. Při západní straně parku pak nechal postavit mohutnou sýpku. Barokně byly také upraveny a nábytkem vybaveny interiéry zámku. Horšovský Týn zůstával v té době stále ještě středověkým městem. Město bylo obehnáno hradbami, jeho život hospodářský byl svazován přísnými cechovními předpisy a společenský rozvoj byl určován vrchnostenskými nařízeními. Bylo to však město výstavné a bohaté, které v lecčem předčilo i sousední královská města. Tak tedy směřoval Horšovský Týn k období novověku.
