23. května léta Páně 1539 se na hradním nádvoří sešli zástupci týnských měšťanů a sedláků ze všech vesnic panství, aby se zúčastnili neobvyklého ceremoniálu. Starý pán Volf Dobrohost z Ronšperka je rukou dáním propouštěl z poddanství. Mnozí z nich si jistě oddechli, neboť to býval tvrdý pán. Končilo více než staleté panování rodu pánů z Drštky a Ronšperka. Byli to první světští vlastníci bývalého arcibiskupského panství, které za věrné služby dostal do zástavy a posléze do dědičného držení od císaře Zikmunda Lucemburského zakladatel rodu Zdeněk z Drštky.
Slavnost posléze pokračovala dalším aktem, jímž byl slib poddanství a věrnosti novému majiteli, Janu ml. z Lobkovic. Ten své nové poddané ujistil, že jim ponechá všechna privilegia a svobody, přiznané jim pražskými biskupy, arcibiskupy a českými králi. Jan ml. z Lobkovic koupil toto zboží od krále Ferdinanda I. Za 8 482 kop grošů českých. Získání tohoto jistě skvělého majetku, k němuž patřily hrad a město Horšovský Týn a 30 vesnic, nebylo jednoduché a vyžádalo si značného diplomatického úsilí a vynaložení vysokých finančních nákladů. Rozhodující pojistkou se stalo, když se bezdětný Volf Dobrohost oženil s Janovou sestrou Kateřinou z Lobkovic. Ve své poslední vůli jí pak odkázal polovinu majetku a druhou polovinu synům Jan ml.z Lobkovic, který se zavázal Kateřinu vyplatit. Jan z Lobkovic postupně ve 40. a 50. letech 16. stol. Skupoval další statky v blízkém i vzdálenějším okolí, a stal se tak nejbohatším feudálem v Plzeňském kraji. Ve stejném duchu pak pokračoval i jeho mocenský vzestup v zemských úřadech. Jako nejvyšší úředník v zemi dbal také na patřičnou reprezentaci. S tím samozřejmě souvisela i přestavba jeho rodového sídla. Paradoxně k ní přispěla i tragická událost – velký požár v roce 1547. Vyžádal si 17 lidských životů a padla mu za oběť většina domů ve městě včetně radnice a také gotický hrad. Jan přikročil k zásadní přestavbě. Do Horšovského Týna pozval italského stavitele Agostina Galliho, který v té době řídil výstavbu jeho pražského paláce. Na půdorysu bývalého hradu vzniklo čtyřkřídlé, mohutné, ale pohodlné renesanční sídlo se stavebními znaky téměř identickými jako na pražském paláci. Jan z Lobkovic se dokončení zámku nedožil, ve stavbě pokračovali a dokončili ji až jeho synové Kryštof a Vilém. Velkorysá stavební činnost si vyžádala obrovské náklady, a tak jak rostly budovy na výšce, rostly i dluhy. Ty se málem staly osudnými staršímu z bratrů – Kryštofovi. Teprve rozdělení majetku mezi oba bratry a prodej paláce v Praze zachránily i týnské panství. Vilém z Lobkovic se ukázal dobrým hospodářem. Své panství řídil pevnou rukou. V čele správy panství stál hejtman, sídlící v Horšovském Týně. Měl na starosti podniky provozované vrchností – panské dvory, pivovar a sladovnu, rybníky, lesy a pilu. Zvlášť výnosným odvětvím se stalo rybníkářství. Řada rybníků vznikla v horšovské oboře, kolem které museli poddaní formou roboty vystavět několikakilometrovou zeď. Tím ale jejich povinnosti vůči majiteli panství nekončily. Třikrát do roka odváděli vrchnosti dávky, a to na Hromnice, na sv. Jiří a na sv. Havla. Poddanské povinnosti se týkaly i měšťanů v Horšovském Týně, kteří se také většinou zabývali zemědělstvím. Nejinak tomu bylo i u řemeslníků. I z městského pivovaru odváděli měšťané z každé várky vrchnosti poplatky. Jak vypadalo město v druhé pol. 16. století? 
Vlastní město ležící na levém břehu Radbuzy bylo obehnáno pásem nového opevnění s okrouhlými věžovitými baštami, prolomeným dvěma branami – na západě Hořejší (Domažlickou), na východě Pražskou. K městu přiléhala lidnatá předměstí. Počet měšťanských domů se blížil dvěma stům. Význam města byl posílen řadou městských práv a privilegií, z nichž nejvýnosnějším bylo právo vybírat clo. Další právo přiznávalo měšťanům vlastnit vedle domů i pozemky v nejbližším okolí města a volně se svým majetkem nakládat. Správu města řídila dvanáctičlenná městská rada v čele s purkmistrem. Ta vykonávala nad měšťany i soudní pravomoc. Vrchnost ve městě zastupoval rychtář, který také bděl nad veřejným pořádkem. K pomoci měl biřice. Městskými zaměstnanci byli městský písař, rektor školy, kantoři, obecní pastýř, varhaník, kalkant, zvoník, branný, sládek a polesný. V druhé polovině 16. století zřídil Horšovský Týn pro své obyvatele i několik obecně užitečných zařízení. Vedle školy to byly městská lázeň, váha, porážka, vodovod, prádelna a špitál. Od roku 1576 přiváděl městský vodovod vodu do dvou kašen na náměstí. Vzhledem ke své velikosti i počtu obyvatel bylo lze Horšovský Týn považovat za zámožné město. Vedle drobného majetku vlastnilo město pivovar, cihelnu, dvory, louky, lesy, rybníky, mlýny, krčmu, a dokonce i vesnici Malonice. Nejvýnosnějším podnikem byl samozřejmě pivovar. Za jeho provoz odpovídal sládek. Ve městě se nesmělo čepovat jiné, než obecní pivo. Vařily se dva druhy piva - bílé pšeničné a ječné. Várečné právo znovu potvrdil týnským měšťanům v roce 1593 Vilém z Lobkovic. Druhým významným zdrojem příjmů pro město byl poplužní dvůr v Lazcích, dále lesy a rybníky. Vysoce aktivní položkou v městském rozpočtu bylo vybírání cla, a to od roku 1539. Město získaný výnos použilo na vydláždění náměstí. Od roku 1546 mohli měšťané vybírat clo i mimo vlastní město – ve Staňkově a v Srbech. Nezaplacení cla se potom přísně stíhalo. Neplatiči bylo zabaveno nejen zboží, ale i kůň a vůz. Díky výhodné poloze na zemské stezce panoval ve městě čilý obchodní ruch. Pořádaly se zde pravidelné týdenní trhy a pro celý kraj pak měly význam výroční jarmarky. Týdenní trhy se konaly za účasti místních řemeslníků a obchodníků každé úterý a sobotu. Nejstarší jarmark se konal vždy po žních, od 15. do 22. září. Král Vladislav II. pak udělil městu právo konat druhý jarmark ve dnech 30. ledna až 6. února. Na přímluvu Jana z Lobkovic přidal král Ferdinand I. Horšovskému Týnu třetí jarmark, a to každoročně od 28. června do 6. července. Obchodní význam města zvyšovala i účast norimberských kupců, kteří se na svých obchodních cestách často v Horšovském Týně zastavovali a skladovali zde své zboží. To si vynutilo v 70. a 80. letech 16. stol. zřízení ungeltu. Na trzích mohli uplatnit své výrobky i místní řemeslníci. Ve městě působili tito řemeslníci: ve výrobě potravin mlynáři, řezníci, pekaři, pivovarníci a sladovníci, ve výrobě ošacení a obuvi krejčí, ševci a kožišníci, dále soukeníci a provazníci, v černém řemesle působili kováři, nožíři, mečíři a zámečníci, s dřevem pracovali bečváři, koláři a tesaři, s kůží koželuhové, sedláři a vačkáři, výrobou nádob se zabývali hrnčíři a sklenáři. Tito řemeslníci se sdružovali do cechů. Dále ve městě působili příslušníci stavebních řemesel, zedníci, kameníci a pokrývači. Na stavbě zámku pak pracovali zedníci a kameníci původem z Itálie. Město bylo v té době také významným kulturním centrem. O vzdělanost se starala partikulární městská škola se třemi učebnami, která poskytovala základy latinské gramatiky. O její úrovni vypovídala i skutečnost, že jí prošli na začátku své dráhy v budoucnu významní intelektuálové, působící v katolických církevních institucích : Severin Táhlo, Šimon Plachý z Třebnice, Šimon Brosius, Václav Šturm, Baltazar Hostounský, Jiří Plachý – Ferus a řada dalších. Ve službách Lobkoviců působili významní vzdělanci a umělci, např. básník slovenského původu Ján Sylván. Hospodářský rozkvět města probíhal zejména za vlády Jana z Lobkovic a Kryštofa z Lobkovic, kteří měšťanům přáli a často využívali svého vlivu u dvora, aby vyprosili pro své poddané od panovníka další privilegia a milosti. Tento vztah se změnil s nástupem Viléma z Lobkovic, který chtěl a zřejmě byl i nucen využít hospodářské prosperity města k řešení tíživé finanční situace, do níž přivedl rod týnských Lobkoviců finančně náročný reprezentační způsob života jeho předchůdců. Zvyšování poddanských povinností a snaha převést dosavadní příjmy měšťanů na vrchnost vedly k častým, i čím dál ostřejším střetům mezi Vilémem a jeho poddanými. Ty vyvrcholily v roce 1598, kdy konšelé a purkmistr předložili Vilémovi petici, v níž si stěžovali na rostoucí útlak vrchnosti. Vilém obratem obvinil z narůstajících hospodářských problémů městskou radu. To vedlo vedení města k odvážnému činu. Stěžovali si na svého pána přímo u císaře Rudolfa II. Vzhledem k tomu, jak liknavě Rudolf II. Přistupoval ke svým vladařským povinnostem, není divu, že se spor táhl a vinul jako červená nit celým dalším obdobím Vilémovy vlády. Do století 17. vstupoval Horšovský Týn jako výstavné město. Dominovala mu především mohutná hmota renesančního zámku. Nejvýstavnější bylo jeho východní křídlo zahájené ještě Janem z Lobkovic s nádherným erbovním sálem s bohatou freskovou výzdobou. Obytnou část pak tvořil mohutný jižní palác otevřený velkými arkádami do zámeckého dvora. Severní křídlo opatřil Vilém z Lobkovic unikátní stavbou tzv. letohrádku, vyzvednutého na dřevěné krakorce, který byl určen k pobytu jeho manželky. Lobkovicové založili vedle zámku i rozsáhlý park a opatřili ho některými zajímavými stavbami. Kryštof nechal postavit v horní části parku údajně nejstarší českou loretu, Vilém u vchodu do parku vybudoval zámeckou jízdárnu, patrně v pořadí druhou stavbu tohoto typu v Čechách. Pozadu nezůstali ani měšťané. Teprve po požáru v roce 1547 vznikla na půdorysech původně gotických domů kamenná zástavba. Renesanční podobu dostala především radnice s krásně klenutým rozlehlým mázhauzem. Sklípkovou klenbou byly sklenuty i místnosti v bývalé staré poště, kde se přepřahaly koně a vybíralo clo. Stejně tak zůstaly renesanční klenby i v řadě měšťanských domů. Všeobecný rozmach města byl však zakrátko přerušen událostí, k níž se schylovalo již dlouho. Její příčinu lze hledat v náboženských konfliktech doby mezi katolíky a nekatolíky. Jeho odraz se projevil i ve vztahu týnských měšťanů – katolíků ke svému pánu Vilémovi z Lobkovic, který přestoupil na víru evangelickou a stal se jejím horlivým přívržencem. Tou událostí byla Třicetiletá válka.
