Přesné datum a místo narození Jana Milíče nejsou známy. Někteří badatelé uvádějí rok 1320 a vesnici Těšovice, jiní rok 1325 a Kroměříž. Vzdělání pravděpodobně získal na katedrální škole v Olomouci a posléze samostudiem. Nejprve byl prostým knězem a písařem. Díky svému nadání a schopnostem se stal jedním z úředníků kancléře biskupa Jana ze Středy. Jeho nadřízený se mu chtěl odměnit za dobré služby, proto pro něj tento úřad získal přímo od papeže. Janovou motivací bylo získat na společenském žebříčku co nejvyšší post, a zajistit si tak pohodlný život bohatého hodnostáře. V jeho době to byla běžná praxe, nad kterou se nikdo nepozastavoval, a Milíč měl pro své povolání všechny předpoklady. Pak však v jeho životě došlo k zásadnímu zlomu. Uslyšel kázání Konráda Waldhausera a najednou se mu otevřely oči. Ze svého postavení viděl daleko ostřeji než dřív kněžskou ziskuchtivost, sobectví a pýchu.
V jeho srdci se objevila úzkost: Což nežije i on jinak, než žádá Ježíš Kristus? Rozhodl se pro radikální změnu životního stylu. Vzdal se svého vytouženého úřadu notáře a kanovníka pražské kapituly a jako chudý kněz odešel v roce 1363 do Horšovského Týna, aby se připravil na kazatelskou činnost. Byl přesvědčen, že pro nemocnou církev existuje jediný lék: kázání Božího slova. V roce 1364 se vrátil do Prahy. Pravidelně kázal v chrámu sv. Jiljí, kde nebývalo k hnutí. Chudí i bohatí, muži i ženy chodili naslouchat „kazateli ohnivých slov“, jak nazval Milíče jeden z jeho obdivovatelů. Kázal zpravidla dvakrát až čtyřikrát denně, duchovním a bohoslovcům latinsky, prostému lidu pak česky. Jeho kázání povzbuzovala a utěšovala, ale také palčivě obviňovala a varovala před záhubou. Jeho poselství bylo natolik radikální a mocné, že dokázalo změnit životy mnohých. Při svém studiu Písma Milíč stále více přemýšlel o temné postavě, která má přijít na konci lidských dějin, aby mařila Kristovo dílo. Stále více na něho doléhal úpadek, kterého byl svědkem v církvi. Nebral si servítky a otevřeně káral ty, kdo se na tomto úpadku podíleli. Dochovala se zpráva o Milíčově podivuhodné odvaze, která hraničila až s neúctou k majestátu. Při jednom ze svých kázání pozdvihl prorocky ruku a ukázal na císaře Karla se slovy: „Ty jsi ten velký Antikrist!“ Za tuto veřejnou urážku panovníka byl Milíč v roce 1366 uvězněn pražským arcibiskupem Janem Očkem z Vlašimi. V roce 1367 napsal Milíč knížku o Antikristu, ve které tvrdil, že všeobecná zkaženost je svědectvím blížícího se konce světa, jehož předzvěstí bude příchod Kristova odpůrce Antikrista na zem. Prahu, kterou Karel IV. přivedl k úžasnému rozkvětu, považoval Milíč za velmi hříšné město a nazval ji Babylónem. Vystupňoval své kazatelské působení a prakticky usiloval o zlepšení života chudých. Podařilo se mu mnoho lidí odvrátit od rozmařilého a nemravného života. Na pokání obrátil také 200 veřejných nevěstek a pečoval o jejich výživu, ošacení a převýchovu. Milíč a jeho početní stoupenci rozbořili do základů nejvykřičenější nevěstinec v Praze na Starém Městě a postavili tam v roce 1372 útulek pro převýchovu nevěstek, který nazvali Jeruzalém, byla tam také škola a kaple s kazatelem. Jeho kritika poměrů v církvi a neřestného života kněží pobouřila pražské kněžstvo do té míry, že proti němu sepsali ostrou žalobu. Arcibiskup pražský nad ní mávl rukou, protože znal své hašteřivé podřízené. Žalobci se však obrátili přímo k papeži, který v té době opět pobýval v Avignonu. Pro Milíče to bylo více než nebezpečné. Milíč byl předvolán k výslechu. Nebyl však odsouzen, jak si přáli jeho nepřátelé. Jeho osobnost udělala na soudce obrovský dojem, a bylo mu dokonce dovoleno kázat ve shromáždění kardinálů. Morálně zvítězil a očistil své jméno. Byl však velmi vyčerpán a zemřel v Avignonu koncem června roku 1374. Po jeho smrti byl Jeruzalém odňat svému účelu a Karel IV. jej věnoval cisterciáckému řádu na univerzitní kolej.
