V době, kdy v Horšovském Týně pobýval Jan Milíč z Kroměříže, bylo město již založeno. Stalo se centrem rozsáhlé državy pražských biskupů, po králi nejvýznamnějších osob a vlastníků v zemi. Počátek biskupského panství v údolí střední Radbuzy je vzhledem k nedostatku písemných pramenů nejasný. Podle Kosmy získal druhý pražský biskup Vojtěch veškeré statky od knížete Boleslava II. na konci 10. století. Pokud tomu tak skutečně bylo, byla to krajina dosud neobdělaná a jen řídce osídlená. Bylo nutno přivést sem nové osadníky, a to z vnitrozemí. Podmínkou pro rychlé osídlení byly úrodná půda a především blízkost zemské stezky, která tudy vedla z Prahy přes Plzeň do říšského města Řezna. V polovině 12. století výrazně změnila svůj směr a sledovala tok Radbuzy až k brodu přes řeku na místě, kterému se říkalo Týn. Odtud dále pokračovala na Domažlice k zemské bráně.
Existence Týna a nedalekého Horšova je písemně doložena v 2. pol. 12. stol. Tehdy byla vnitřní kolonizace oblasti z větší části dokončena. K rychlému rozvoji přispělo i zřízení arcijáhenství v Horšově. Tam bylo zřejmě i sídlo panství kolem výstavného tribunového kostela Všech svatých. Arcijáhen se psal z Horšova i poté, co někdy v 30. nebo 40. letech 13. stol. přesídlil z Horšova do Týna. Kde bylo jeho sídlo, označované slovem Týn, není dosud zcela jasné. Dřívější prameny uváděly, že tomu bylo na pravém břehu řeky Radbuzy, kam někteří badatelé kladli existenci kupecké osady kolem kostela Panny Marie. Ve prospěch této lokace hovoří i písemná zpráva biskupa Tobiáše z Bechyně z roku 1283, podle níž nechal biskup kostel opevnit kamennou hradbou, a dále ta skutečnost, že kostel Panny Marie, později sv. Apolinář, byl a dosud je arciděkanským chrámem. Archeologický průzkum prováděný v 90. letech minulého století v areálu státního hradu a zámku odhalil, že toto místo na vyvýšeném levém břehu Radbuzy bylo už od 11. století trvale osídleno a opevněno a že ve druhé polovině 12. století zde stával opevněný dřevěný biskupský dvorec, doplněný za biskupa Jindřicha z Rýzmburka stavbou zděné jednolodní kaple a obytného stavení, základu budoucího hradu. To vede současné historiky k názoru, klást Týn jako sídlo biskupské správy do této lokality. V každém případě vycházelo osídlení budoucího Horšovského Týna ze dvou center. Za své dlouhé vlády vedl král Přemysl Otakar II. Takřka nepřetržitou válku se svým výbojným sousedem Jindřichem Dolnobavorským. Neustálé nájezdy a plenění pohraničního území vedly krále k tomu, aby celou jihozápadní hranici své říše důkladně 
opevnil. Učinil tak založením dvou královských měst – Klatov a Domažlic. Na ně navazovaly panské hrady Rýzmberk a Herštejn. K obraně země se připojil i pražský biskup Jan III. z Dražic, který v konfliktu sledoval i své vlastní mocenské zájmy. Učinil tak velkolepě : založením mohutného hradu na místě tehdy už stojícího biskupského dvorce. Stalo se tak nejspíše v 70. letech 13. století. Hrad měl za cíl chránit strategický brod přes Radbuzu, kde se zemská stezka dělila na dvě větve. Jedna pokračovala na Domažlice, druhá směřovala na Klenčí a Nemanice do bavorského Waldmünchenu. Na východ od hradu pak biskup založil město. Vzniklo, jak se říkalo, „na zeleném drnu“. Nasvědčuje tomu lokace pravidelného čtvercového náměstí a z něho vybíhající kolmá síť ulic. Pokračovatelem zakladatelského úsilí Jana III. z Dražic byl jeho nástupce Tobiáš z Bechyně. Přenesením biskupské správy celého panství do Týna význam Horšova postupně zanikl. Dlouhá vláda biskupa Jana IV. z Dražic (1301 – 1343) znamenala vybavení města městskými právy. Biskup byl měšťanům příznivě nakloněn, a tak město získalo mimo jiné právo tržní, právo mílové, soudní a hrdelní a v neposlední řadě právo várečné. V čele města stála městská rada tvořená osmi konšely a biskup osobně jmenoval svého rychtáře. V otázkách soudních se pak město mělo řídit právem královského města Stříbra a k tamním konšelům se též obracet o radu. Vedle práv však měli měšťané jako obyvatelé poddanského města i řadu povinností vůči králi a své církevní vrchnosti. Králi odváděli berni, biskupským úředníkům pravidelnou peněžní rentu. Vzhledem k tomu, že druhá polovina 14.století a počátek století 15. byly pro město obdobími prosperity, neobjevily se mezi měšťany a vrchností žádné spory. Písemných zpráv z tohoto období je vskutku poskrovnu. Týkají se většinou arcijáhenského úřadu a správy panství. Střídají se v nich jména arcijáhnů, kteří vystupují jako svědkové při prodejích a směnách statků, stanovují se jim platové podmínky a finanční zabezpečení. V druhé polovině 14. století se v pramenech nejčastěji objevuje jméno arcijáhna Přibyslava, poté zde často vystupuje M. Petr ze Všerub. Byl to typický mnohoobročník, který takovýchto funkcí zastával více, bral za ně peníze a v jejich vykonávání se nechal zastupovat vikářem. Právě tato praxe byla častým terčem kritiky v kázáních Jana Milíče a později i Jana Husa. Horšovský Týn zůstal v přízni i u prvního pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic (1344 – 1364) v době působení Jana Milíče. Horšovský Týn tehdy teprve dostával kontury středověkého městečka čerstvě obehnaného věncem hradeb. Vévodila mu mohutná hmota biskupského hradu. Ten byl postaven ve tvaru lichoběžníku o rozměrech 69 x 50 m, který se ve směru na sever mírně zužoval. Nový hrad byl menší než areál starého dvorce, jehož opevnění pak sehrálo úlohu parkánu. Vstup do hradu vedl od východu podél jižního křídla k průjezdu v hradním paláci. Palác zabíral celé západní křídlo hradu. Průjezd bránila mohutná hranolová věž o rozměrech 13 x 13 m. Věž zároveň střežila i rozcestí obou větví důležité zemské stezky. Do hradního paláce se portálem vstupovalo do sníženého přízemí z přístavku na nádvoří. Snížené přízemí ( sklepy ) představovaly tři místnosti, z nichž dvě byly sklenuty křížovou klenbou vyzdívanou lomovým kamenem a poté omítnutou. Třetí místnost v severní části paláce byla sklenuta valeně. Přístup do patra byl umožněn dřevěnou pavlačí se schodištěm, aby bylo lze vstoupit do místností s nestejnou výškou podlah. Dispozičně kopírovalo patro přízemí, takže největší byla střední obytná síň plnící reprezentativní účel. Nejvýznamnější prostora hradu byla však umístěna v prvním patře jižní věže. Byla to nádherná hradní kaple zasvěcená Nejsvětější Trojici. Kaple zabírala celý prostor věže. Její loď byla opatřena arkádami se sediliemi a panskou tribunou. Skutečným skvostem soudobého stavitelského umění byl presbytář kaple ukončený polygonálním závěrem. Obrovská hmota věže byla rozložena do subtilní a křehké žebrové klenby nesené dvěma svazčitými pilíři a několika polosloupy. Nosníky pilířů a hlavice sloupů byly zdobeny bohatou rostlinnou ornamentikou. Celá kaple svou výškou a odvážnou kontrukcí působila neskutečně křehce. Její tvůrci byli poučeni stavbami bavorské a burgundské gotiky a kaple si svou výstavností a zdobností nezadala s kaplemi na královských hradech Bezdězu a Zvíkově. Ve středu náměstí stál farní kostel sv. Petra, z něhož se dochovala pouze jeho dispozice. Gotické stavební prvky, jako polygonální závěr presbytáře, protáhlé siluety oken a opěrný systém jsou dílem pozdně gotické přestavby na přelomu 15. a 16. století. Rozlehlé čtvercové náměstí bylo tehdy už z větší části zastavěno měšťanskými domy. Jejich protáhlý půdorys i vnitřní členění se u většiny z nich zachovaly dodnes. Nevíme, kolik z nich bylo už v polovině 14. století vystavěno z kamene a kolik ze dřeva. Gotické portály na radnici, domech č.p. 99, 4, 7 a kamenné ostění oken patřily až době pozdní gotiky. Na pravém břehu Radbuzy byl dominantou kostel Panny Marie, později sv. Apolináře, který byl sídlem arcijáhenství. O tom, jakou důležitost přikládal biskup svému církevnímu správci v Horšovském Týně, svědčí přestavba tohoto kostela, která byla právě ve 2. pol. 14. století započata. Dokončený presbytář svou rozlohou ukazuje, že chrám byl projektován ve stylu menší katedrály. Bohužel loď se do počátku husitských válek nepodařilo dokončit. Mohutný vysoký presbytář je poddpírán soustavou opěráků vybavených chrliči v podobě ďábelských postav. Bohatá kružba, dokonalost klenby a členitost portálů řadí stavbu k významným dílů vrcholné gotiky. V přilehlé kapli 10 000 mučedníků lze spatřit vyobrazení Horšovského Týna v jeho gotické podobě. Během vlády Arnošta z Pardubic dostalo město právo hradební a bylo opevněno. Souvislý pás hradeb navazoval na opevnění hradu. Hradby byly prolomeny dvěma branami, které sledovaly směr zemské stezky. Západní, Domažlická brána, byla chráněna dvěma hranolovitými věžemi. Východní, Pražská brána, byla kryta velkou hranolovou baštou. Pět hranolových bašt zpevňovalo severní zeď, jižní zeď bránily čtyři tvarem podobné, ale o něco nižší bašty. Důkladné opevnění města nabylo na významu o několik desetiletí později, kdy byl Horšovský Týn dvakrát obléhán husitskými vojsky a vždy odolal.
